葡萄牙的医疗体系非常完善，医疗水平世界领先。对于已经获得葡萄牙合法居留权的人，公立医院提供免费医疗服务。唯一需要支付的，就是挂号费，药费；其中药费还会根据药性和产地等因素给出最高2-3折的优惠。葡萄牙在医疗事业的投入占其GDP的10.1%，比中国医疗投入占GDP比例约多一倍。其医疗体系完备，世界排名第12，其中器官移植等科目居全球 首位。在葡萄牙，医生与居民的配比率是1:256，医院床位与居民的配比率是1:300。得益于该国优越的医疗系统，据世界卫生组织数据，葡萄牙的平均寿命预期值已达79.5岁。
葡萄牙医院分公立和私立两种。公共医院规模大、设备精良、技术力量雄厚，就诊人数较多、耗时较长。私人医院治疗耗时较少。葡各社区均设有社区医院，但仅为社区内登记人口提供简单的医疗服务。
以下三家医院位于首都里斯本，也是目前国人生活较为集中的地区：
里斯本北方中心医院(Centro Hospitalar de Lisboa Norte或Santa Maria)
位于里斯本大学城附近，也是里斯本大学医学院所在的医院。从医疗设备的角度和从医务人员的编制上来看，该院是全国范围内最好的医院。
里斯本西方中心医院(Centro Hospitalar de LisboaOciental)
该医院是以医疗反应速度快而闻名葡萄牙，由三家里斯本传统医院合并而成(Hospital de Santa Cruz、 Hospital de São Francisco Xavier、Hospital de Egas Moniz)，合并后医院购进许多先进的设备。
里斯本肿瘤研究中心(Ins. Port. De Oncologia de Lisboa)
该院主要研究肿瘤病患，在癌症的治疗方面具有一定的权威性。葡萄牙著名球星Nuno Gomes的父亲罹患肺癌，在这家医院接受了六年的治疗。
在医疗制度完善的葡萄牙，从私人医生、社区医生、专科医院、综合性医院，都设置了相应的程序，把每一个人医疗责任分摊到医疗体系内的每一个角落，每个人的健康情况，都涵盖在医疗制度的大框架内，这种举措有利于国家医疗统筹。
